本課程企圖從一個嶄新的角度重新詮釋中國思想史。基本上將三代以下的中國視為一「超級國家型文明」與「天下型國家」，而從此角度審視其歷代的思想，從而賦予六經、王官之學、先秦諸子、歷代儒學、經學、道家、佛學、理學、樸學及其他各家思想以新的意義。此因歷代思想雖包含政治、經濟、社會、宗教、學術、術數、宇宙、人生、世界觀、認識方式等各方面，然而各時代的思想，卻不能不有其「主軸」，必須先認識此主軸，而後對於其他各方面的思想，才能有適當的掌握。
中國做為一「超級國家型文明」與「天下型國家」，為了維繫整體的生存與秩序，首先必須解決其政治社會體制的問題。是以六經不免「皆先王得位行道,經緯世宙之迹,而非託於空言」（章學誠），而「夫陰陽、儒、墨、名、法、道德，此務為治者也」（司馬談）。諸史繼經皆所以載記治道得失，而集部亦多屬士大夫之辭章與有益治道與民生之專門之學。是以中國思想史之主軸，實為歷代的「政教」思想，而尤其是做為政教思想核心的「道論」。其餘各方面的思想，不免均深受政教主軸思想的影響、環繞此主軸而發展、或針對此主軸與中心的問題企圖有所匡濟。
本課程內容將以選讀關鍵原典與解析大意為主，並以歷代「政教」思想與道論為中心，以表現古代思想之歷史真相，一改胡適、馮友蘭以降百年來中國思想史過度哲學化，或徒知模仿西方思想之面貌。中國思想史一教授先秦部分。中國思想史二將從秦漢教至宋元。中國思想史三將從明清教授至現代。