音樂學理論與方法為本所必修課，分為兩學期，每學期由兩部份組成，故共四部份，每部份由一位老師任教，目的是介紹治學方和音樂學三大分支領域的基本理論和方法，並透過各種實際操作（例如田野調查、古譜翻譯、研究計畫大綱撰寫等等）加深學生的體會，最終目的則是希望學生透過此必修課對音樂學的整體有一認識，並體認到音樂學各分支領域整合的重要。

這一學期除第一週為兩位老師共同授課之外，其餘十六週平分為兩部份，分別是民族音樂學（山內文登）和研究方法（楊建章）。

民族音樂學的部份所涵蓋的主題包括其簡史和定義、研究模型、音樂民族誌、田野工作、田野日誌、目前主要議題。學生除進行閱讀和課堂討論之外，也必須進行實際的操作，藉此將閱讀的文獻與實際的操作作一對照，方能有更深入的體會。實際操作的訓練包括某音樂事件的觀察記錄、分組進行田野調查、以及音樂民族誌的寫作。最後繳交的報告除了田野筆記外還須就該田野對象進行初步的文獻回顧和提出未來可以研究的議題。
，也可藉此摸索未來可能的論文研究方向。

研究方法的部份，首先簡單介紹音樂學發展的歷史，檢討音樂作為研究對象的可能性與困難。並且以實例為教學媒介，達到理論與實務並重的目的。課程討論內容，包括音樂學史、音樂學相關資料基本介紹、音樂文本閱讀、摘要寫作、研究計畫寫作等等。此研究計畫可以第一部份田野調查和所撰寫之音樂民族誌作為基礎，以便讓兩部份的課程有所連接。