整個課程設計是企望學生透過這門課可以學習到如何偵測海洋微生物基因的技術以及相關的研究。為因應背景不同的研究生，剛開始用四堂課，簡略地介紹微生物學和海洋微生物基因偵測所用方法。接下來幾週，則以海洋主要幾個營養源循環為前提，介紹微生物相關基因的偵測和實際研究案例。接下來我將會討論過去比較被疏忽卻非常重要的海洋病毒研究和微生物疾病研究。最後介紹有關如何從海洋微生物中找到更多具生物科技潛力的基因。課程中大部分所選用的教材都是最新的研究報告內容，這些報告主要都是來自Nature, Science, PLoS Biology以及PNAS等科學雜誌。希望藉此讓學生學習瞭解到最新技術和研究進展。經過這些課程教授後，由學生選擇海洋分子微生物學相關研究報告進行雙向討論，希望透過這樣的書報問答訓練，學生可以對相關研究的問題有更能深入瞭解。