課程大綱

課程資訊

課程名稱	分子親緣關係學 Molecular Phylogenetics
開課學期	101-1
授課對象	理學院海洋生物及漁業組
授課教師	陳韋仁
課號	Ocean5059
課程識別碼	241 U1990
班次
學分	3
全/半年	半年
必/選修	選修
上課時間	星期五2,3,4(9:10~12:10)
上課地點	海研232
備註	本課程中文授課,使用英文教科書。總人數上限：12人
Ceiba 課程網頁	http://ceiba.ntu.edu.tw/1011molphyl
課程簡介影片
核心能力關聯	核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
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課程概述	自從DNA結構在1953被發現後, 分子生物技術開始蓬勃發展並開啓了生命科學研究的新紀元, 這包括了紀錄著“生命密碼”的各個物種之基因（體) 的被剖析. 然而, 確立基因彼此間的親緣關係, 乃是關鍵的第一步. 本課程將以此為主軸, 引導學生了解此學門對理解生物多樣性和演化生物學研究的重要性與意義。
課程目標	學生藉由授課, 實作(包含資料之收集, 編集與分析), 課堂討論和成果報告 1. 獲得此學門的基本知識與相關應用 2. 學習如何建立分子親緣關係樹 3. 獲得設計與執行相關研究計畫的能力
課程要求	修課學生必須有遺傳學的基礎; 最好能自備 Mac (Apple) 電腦
預期每週課後學習時數
Office Hours
指定閱讀
參考書目	1.Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach by Roderick D.M. Page, Edward C. Holmes ISBN: 978-0-86542-889-8 http://as.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-0865428891.html 2.Inferring phylogenies By Joseph Felsenstein http://www.sinauer.com/detail.php?id=1775 3. Phylogenetic trees made easy : a how-to manual / Barry G. Hall By Barry G. Hall http://www.sinauer.com/hall/3e/
評量方式 (僅供參考)

課程進度

週次	日期	單元主題
第1週	9/14	課程簡介及學門概論
第2週	9/21	親緣關係樹之剖析
第3週	9/28	從基因看生物多樣性
第4週	10/05	遺傳變異之計量/分子演化的模式之剖析
第5週	10/12	分子親緣關係實驗課
第6週	10/19	分子親緣關係實驗課 Please give your PCR results to 李欣
第7週	10/26	親緣關係樹之推衍 (ㄧ)：方法學概論 (distance and Max parsimony methods); 遺傳資料之收集
第8週	11/02	親緣關係樹之推衍 (二)：方法學概論 (Maximum Likelihood）
第9週	11/09	親緣關係樹之推衍 (三)：方法學概論 (Bayesian methods); 親緣關係樹分析工具簡介
第10週	11/16	親緣關係樹之推衍 (三)：分析實作 -I; Introduction of GENE phylogeny home work
第11週	11/23	親緣關係樹之推衍 (三)：分析實作 -II; 分子親緣關係學的應用 (ㄧ): 物種史的推定與系統分類的應用
第12週	12/03	期中考 16:30~18:00
第13週	12/07	分子親緣關係學的應用 (II): Time tree; 分析實作 -III : Divergence times estimation) by Dr. Sebastien Lavoue
第14週	12/14	專題演講: by Dr. Sebastien Lavoue and 劉筱蕾
第15週	12/21	學生成果發表: 陳彥嘉; 許翠庭; 黃建華
第16週	12/28	學生成果發表; 黃韋盛; 陳倢蓁; 黃崇盛.
第17週	1/04	學生成果發表; 劉佳妍; 黃馨卉; 陳佩儀; 賴芳裕; 期末總結