整個課程設計是企望學生透過這門課學習後可以學習基本海洋生物基因體的知識以及發展情況。為因應背景不同的研究生，剛開始用四堂課，簡略地介紹分子生物學和基因體。然後介紹基因體相關的技術，這個部分將有連續四週的時間。希望在仔細的介紹後，學生能藉由瞭解相關技術和原理，進而對基因體相關研究的分析資料知道如何解讀。這些技術將包括DNA 解序技術（包括最新的Roche 454、Illumina、SOLid、Helico以及Pacific Bioscience高輸出技術）、基因體表現偵測、微陣列分析、蛋白質體、生物資訊分析等。接下來幾週，則以海洋生物基因體個案研究一一做介紹，從魚類、無脊椎海洋生物到海洋微生物和病毒皆含蓋在內。課程中大部分所選用的教材都是最新的研究報告內容，這些報告主要都是來自Nature, Science, PLoS Biology以及PNAS等科學雜誌。由於坊間無所謂海洋基因體學的教科書，因此這些歸納可以讓學生能夠對海洋生物的基因體學研究有較完整地瞭解。經過這些課程教授後，由學生選擇海洋基因體學相關研究報告進行雙向討論，希望透過這樣的書報問答訓練，學生可以對海洋基因體研究的問題有更能深入瞭解。