課程資訊
課程名稱
 生醫實驗科學家之轉錄體資料分析入門
Transcriptomic Analysis for Biomedical Laboratory Scientists 
開課學期
 113-1 
授課對象
 醫學院  毒理學研究所  
授課教師
 蔡幸真 
課號
 Tox5012 
課程識別碼
 447 U2800 
班次
  
學分
 2.0 
全/半年
 半年 
必/選修
 選修 
上課時間
 星期四8,9(15:30~17:20) 
上課地點
 基醫504 
備註
 大學部學生修課需經主授教師同意。與許家郎合授
總人數上限：30人 
  
課程簡介影片
 
核心能力關聯
 核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

本課程講授轉錄體學基本原理、次世代定序實驗方法，分析環境介紹，以及數據統合分析之步驟。 

課程目標
 本課程講授轉錄體學基本原理、次世代定序實驗方法，分析環境介紹，以及數據統合分析之步驟 ; 授課方式包含基礎原理講解與上機實作，旨在使無程式設計基礎的學生認識轉錄體分析的基本流程與生物醫學研究上的應用。 
課程要求
 ■ 具備轉錄體與分子生物學基礎知識
■ 願意跨領域學習並應用轉錄體技術於研究上
■ 需自備可上網之電腦 (Windows、MAC皆可)
■ 適合無程式語言相關背景者 
預期每週課前或/與課後學習時數
  
Office Hours
  
指定閱讀
  
參考書目
 R programming:
https://www.guru99.com/r-tutorial.html
https://www.w3schools.com/r/default.asp

RNA-seq data analysis:
https://f1000research.com/articles/5-1408
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0881-8

Single-cell RNA-seq:
https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/msb.20188746 
評量方式
(僅供參考)
  
No.
項目
百分比
說明
1. 
 隨堂作業 
70% 
 包含每堂課中的練習成果或課後的作業 
2. 
 期末報告 
30% 
 包含分組上台進行專題報告、分析原始碼上傳、組內互評 
  1. 本校尚無訂定 A+ 比例上限。
  2. 本校採用等第制評定成績，學生成績評量辦法中的百分制分數區間與單科成績對照表僅供參考，授課教師可依等第定義調整分數區間。詳見學習評量專區 (連結)。
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
 9/5  課程介紹 & 轉錄體定序基本概念 
第2週
 9/12  R程式語言(I): R studio, Data structure, I/O 
第3週
 9/19  R程式語言(II): Function & Package 
第4週
 9/26  R程式語言(III): Visualization 
第5週
 10/3  轉錄體定序資料分析(I): QC & Normalization 
第6週
 10/10  (國慶日停課) 
第7週
 10/17  轉錄體定序資料分析(II): DEG & Visualization 
第8週
 10/24  彈性教學(期中考週) 
第9週
 10/31  單細胞轉錄體定序資料分析(I): Pre-processing & QC 
第10週
 11/7  單細胞轉錄體定序資料分析(II): Clustering & Annotation 
第11週
 11/14  單細胞轉錄體定序資料分析(III): Functional analysis 
第12週
 11/21  單細胞轉錄體定序資料分析(IV): Trajectory analysis 
第13週
 11/28  期末專題討論(I) 
第14週
 12/5  期末專題討論(II) 
第15週
 12/12  期末專題報告(I) 
第16週
 12/19  期末專題報告(II)