1.專題討論課程旨在教導學生如何思考、設計腦與心智科學的研究議題。各個專題均為一獨立研究主題，老師與學生雙向互動討論，本課程平衡認知科學、神經生物學與臨床神經-精神科學三領域之研究議題。
2.由本所老師與特聘外賓作專題演講，並由學生作專題報告，其中八節課由本所老師演講，四至五節由特聘外賓演講，五節由本所學生報告。
3.本所老師分由認知科學、神經生物學與臨床神經-精神科學領域老師進行專題演講。每學期十六位，一位一小時，每堂課有兩位老師的專題演講並帶動學生雙向討論。
4.使學生體會老師在腦與心智科學各領域研究的思考與研究設計，並發掘未來研究領域與方向。
5.特聘外賓學者除了一小時演講外，也強調以另一個小時就腦與心智科學研究之現況與未來與本所學生與老師們做更廣泛而深入的互動討論，引導學生深入思考該領域議題，並啟發本所各領域老師之跨領域研究與教學之思考。
6.學生專題報告安排在學期後半段，由指導老師與共同指導老師指導，選妥主題後做充足準備專題報告，並進行互動式討論。