課程資訊
課程名稱
植物基因體學
Plant Genomics 
開課學期
108-1 
授課對象
生物資源暨農學院  作物科學組  
授課教師
董致韡 
課號
Agron5056 
課程識別碼
621 U6450 
班次
 
學分
3.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期五6,7,8(13:20~16:20) 
上課地點
 
備註
上課教室: 農藝館316室與劉力瑜、黃永芬合授
總人數上限:16人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1081Agron5056_PG 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

植物基因體資訊已充分應用於基礎研究,作物育種,疾病防治等領域。隨者基因體定序工具的發展,越來越多的植物已被解序。本課程將從各個角度帶領同學認識植物基因體及其應用層面,除了介紹探勘基因體所需的技術及原理外,同時提供實作機會讓學生熟悉分析流程及基因體資源。 

課程目標
本課程可分為下列主題:
Genome Organization and Structure
Genome Assemblies
Genome Sequencing
Plant Functional Genomics
Plant Bioinformatics
Comparative Genomics
Genome Variation
Genesis of New Gene 
課程要求
待補 
預期每週課前或/與課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
待補 
參考書目
 
評量方式
(僅供參考)
 
  1. 本校尚無訂定 A+ 比例上限。
  2. 本校採用等第制評定成績,學生成績評量辦法中的百分制分數區間與單科成績對照表僅供參考,授課教師可依等第定義調整分數區間。詳見學習評量專區 (連結)。
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
09/13  中秋節 
第2週
09/20  Course introduction
Genome Sequencing Strategies and Methods (董致韡)
 
第3週
09/27  Genome sequencing and annotation (董致韡)
 
第4週
10/04  Plant genome structure, organization and variation (董致韡) 
第5週
10/11  國慶連假 (10/5 不補課)
 
第6週
10/18  Sequence Alignment (劉力瑜)
 
第7週
10/25  Global Gene Expression & RNAseq (劉力瑜) 
第8週
11/01  Bioinformatics: AffylmGUI & DESeq2 (劉力瑜) 
第9週
11/08  Bioinformatics: self practice (劉力瑜) 
第10週
11/15  校慶放假 
第11週
11/22  After Global Gene Expression: Systems Biology (劉力瑜)
 
第12週
11/29  Mid-term exam (50 mins)
Application of Plant Genome Variation (董致韡) 
第13週
12/06  Plant Genomic Resources (董致韡)
 
第14週
12/13  Transposable Elements (黃永芬) 
第15週
12/20  Comparative Genomics (黃永芬) 
第16週
12/27  Genesis of New Genes (黃永芬) 
第17週
01/03  Plant Genome Projects (黃永芬) 
第18週
01/10  Final report handed in deadline (黃永芬)