本課程預計分成三個部分，包括課程講授，學生專題討論與研究學者邀請授課(guest speaker)等三部分。課程講授主要有生物地球化學介紹，物理化學生物等作用機制對陸域系統影響，不同生態系統介紹與其生物地球化學作用機制，全球碳循環及其它生物地球化學循環，同位素分析，全球暖化與人類作用，森林碳吸存等議題。專題討論則讓學生自行選擇相關於生物地球化學相關題目，進行文獻收集、期刊研讀，並於課堂中發表與討論研究主題、材料分法、實驗設計、相關分析技術與結果討論等。專題討論主要用以訓練學生對研究論文的整理，消化吸收與課堂表達的能力。Guest speaker則提供學生了解國內最新生物地球化學研究的機會，面對面接觸與了解相關學者與研究領域，預計在學期中與學期末各邀請一位學者進行課堂講授。