課程資訊
課程名稱
遺傳資料統計分析
Statistical Analysis of Genetic Data 
開課學期
105-2 
授課對象
公共衛生學院  流行病學與預防醫學研究所  
授課教師
曾仲瑩 
課號
EPM5019 
課程識別碼
849 U0470 
班次
 
學分
2.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期二6,7(13:20~15:10) 
上課地點
公衛212 
備註
總人數上限:40人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1052EPM5019_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

本課程目的為介紹遺傳統計方法,用以了解人類特徵的遺傳效果,本課程內容將會同時涵蓋處理及分析遺傳資料時所需之理論與應用的方法,資料類型則涵蓋單一核甘酸多型性陣列、外顯子組晶片、次世代定序及全基因體定序資料。本次課程主要著重在遺傳定位複雜的人類特徵,其中,包含相關性分析、族群分群分析、校正多重檢定、多指標分析以及基因與環境、基因與基因之交互作用。 

課程目標
能了解當代遺傳資料分析的基本理論,並進行遺傳資料的分析。 
課程要求
閱讀書籍與文獻、分析資料、操作軟體。 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
每週四 13:00~14:00
每週二 15:30~16:30 備註: 週二Office hour地點為公衛大樓511室 
參考書目
Ziegler and Konig (2010) A statistical approach to genetic epidemiology, 2nd
edition. Wiley-Blackwell
Thomas DC (2004) Statistical methods in genetic epidemiology. Oxford University
Press, New York
Additional reference books:
Falconer DS and Mackay TFC (1996) Introduction to Quantitative Genetics. 4th
Ed. Essex, England : Longman 
指定閱讀
上課指定論文及書籍 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
Howework 
40% 
 
2. 
Group project 
55% 
 
3. 
Class participation and discussions  
5% 
 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
2/21  (1) Course overview & syllabus

(2) 遺傳指標 (Genetic Markers)

(3) 遺傳一致性係數及其應用 (Genetic identity coefficients and its application) 
第2週
2/28  No class (和平紀念日) 
第3週
3/07  遺傳一致性係數及其應用 (Genetic identity coefficients and its application) 
第4週
3/14  Review of Topic2
哈溫連鎖不平衡 (Hardy-Weinberg disequilibrium)
連鎖不平衡 (Linkage disequilibrium) 
第5週
3/21  HW1 due
連鎖不平衡 (Linkage disequilibrium) 
第6週
3/28  全基因組關聯性研究 (Genomewide association studies)
Discussion of group project (files will be posted by TA) 
第7週
4/04  no class (民族掃墓節) 
第8週
4/11  HW2 due
單一遺傳指標之相關性分析 (single-marker association analysis)
以遺傳指標集合進行之相關性分析 I: 單倍型分析 (Marker-set association analysis I: Haplotype based methods) 
第9週
4/18  以遺傳指標集合進行之相關性分析 II: 罕見變異分析 (Marker-set association analysis II: analysis of rare variants)

族群結構 I: 基本原理及方法 (Population substructures I: general concepts and methods) 
第10週
4/25  Written proposal due
族群結構 (Population substructures)
多重檢定 (Multiple testing)  
第11週
5/02  多重檢定 (Multiple testing)  
第12週
5/09  Multiple testing (Part 2)
次世代定序關聯性研究 (Next-gen sequencing studies) 
第13週
5/16  次世代定序關聯性研究 (Next-gen sequencing studies)
以摘要統計進行遺傳相關性分析 (Genetic analysis using summary association statistics) 
第14週
5/23  Project presentation 
第15週
5/30  no class (端午節) 
第16週
6/06  No class (written report due by 6/2) 
第17週
6/13  no class