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課程名稱 |
基因晶片方法與數據分析
Genechips Methods and Data Analysis |
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開課學期 |
110-2 |
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授課對象 |
電機資訊學院 生醫電子與資訊學研究所 |
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授課教師 |
莊曜宇 |
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課號 |
EE7012 |
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課程識別碼 |
921 M3100 |
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班次 |
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學分 |
3.0 |
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全/半年 |
半年 |
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必/選修 |
選修 |
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上課時間 |
星期四6,7,8(13:20~16:20) |
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上課地點 |
明達203 |
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備註 |
總人數上限：20人 |
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Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1102EE7012_genechip |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
本課程尚未建立核心能力關連 |
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課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
1.基本分子生物實驗的操作,包含細菌培養,DNA分離,電泳分析以及PCR.
2.基因晶片備製過程學習
3.細胞培養及RNA的提取
4.基因晶片的螢光標記和雜交反應
5.基因晶片的螢光掃描以及影像分析
6.建立基因晶片數據資料庫
7.利用高階軟體進行基因晶片結果之分析判讀以及推論實驗結果在生物上的意義 |
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課程目標 |
使學生對於基因晶片的備製,應用及結果之分析有實際操作和深切的認識,進而啟發學生在此一新興跨領域的學習與研究。 |
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課程要求 |
一、成績評量方式：
1.出席及課堂表現 10%
2.實驗報告 50 %
3.期末考 40%
二、預修課程：
生物晶片技術概論 |
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預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
待補 |
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參考書目 |
教科書： DNA Microarrays :A Molecular Cloning Manual
David Bowtell and Joseph Sambrook
Cold Spring Harbor Laboratory Press |
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評量方式
(僅供參考) |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
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第1週 |
2/17 |
Introduction |
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第2週 |
2/24 |
miniprep and run DNA gel electrophoresis |
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第3週 |
3/03 |
PCR intro, spectrophotometer intro |
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第4週 |
3/10 |
Sanger sequencing intro |
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第5週 |
3/17 |
Sanger sequencing data analysis |
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第6週 |
3/24 |
Cell culture and RNA extraction |
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第7週 |
3/31 |
RNA extraction and purification |
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第8週 |
4/07 |
Mid term |
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第9週 |
4/14 |
NGS intro and gDNA extraction |
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第10週 |
4/21 |
Metagenomics library preparation |
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第11週 |
4/28 |
Class suspension (COVID19) |
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第12週 |
5/05 |
Metagenomics library preparation |
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第13週 |
5/12 |
Data analysis (linux intro & metagenomics) |
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第14週 |
5/19 |
Real-time RT PCR |
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第15週 |
5/26 |
Illumina and Affymetrix biochip intro |
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第16週 |
6/02 |
Final exam |
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