課程資訊
課程名稱
基因晶片方法與數據分析
Genechips Methods and Data Analysis 
開課學期
107-2 
授課對象
電機資訊學院  生醫電子與資訊學研究所  
授課教師
莊曜宇 
課號
EE7012 
課程識別碼
921 M3100 
班次
 
學分
3.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期四6,7,8(13:20~16:20) 
上課地點
明達203 
備註
總人數上限:16人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1072EE7012_genechip 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
本課程尚未建立核心能力關連
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

1.基本分子生物實驗的操作,包含細菌培養,DNA分離,電泳分析以及PCR.
2.基因晶片備製過程學習
3.細胞培養及RNA的提取
4.基因晶片的螢光標記和雜交反應
5.基因晶片的螢光掃描以及影像分析
6.建立基因晶片數據資料庫
7.利用高階軟體進行基因晶片結果之分析判讀以及推論實驗結果在生物上的意義 

課程目標
使學生對於基因晶片的備製,應用及結果之分析有實際操作和深切的認識,進而啟發學生在此一新興跨領域的學習與研究。 
課程要求
一、成績評量方式:
1.出席及課堂表現 10%
2.實驗報告 50 %
3.期末考 40%

二、預修課程:
生物晶片技術概論 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
參考書目
教科書: DNA Microarrays :A Molecular Cloning Manual
David Bowtell and Joseph Sambrook
Cold Spring Harbor Laboratory Press 
指定閱讀
待補 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
2/21  Overview 
第2週
2/28  [228]No class 
第3週
3/07  Generation of Targets for Spottd Microarrays-miniprep and run DNA gel electrophoresis 
第4週
3/14  Generation of Targets for Spottd Microarrays - PCR intro, spectrophotometer intro
 
第5週
3/21  Generation of Targets for Spottd Microarrays - Plate transfer, FX intro
 
第6週
3/28  Printing Spotted Glass Microarrays - Printing design (OmniGrid intro) (基因體中心7F) 
第7週
4/04  溫書假[study leave] 
第8週
4/11  Printing Spotted Glass Microarrays - Post-processing 
第9週
4/18  Midterm 
第10週
4/25  Expression Analysis of RNA - Cell culture and RNA extraction 
第11週
5/02  Expression Analysis of RNA - RNA purification and quality check
 
第12週
5/09  Expression Analysis of RNA - cDNA labeling 
第13週
5/16  Expression Analysis of RNA - Hybridization 
第14週
5/23  Microarray Bioinformatics - Gal file preparation and Scan image (Axon scanner intro) 
第15週
5/30  Microarray Bioinformatics - Web-based Microarray Analysis and IPA intro 
第16週
6/06  Microarray Bioinformatics - Real-time RT PCR
 
第17週
6/13  Microarray Bioinformatics - Illumina and Affymetrix system intro 
第18週
6/20  Final Exam