課程資訊
課程名稱
 生物資訊學
Bioinformatics 
開課學期
 109-2 
授課對象
 醫學院  腫瘤醫學研究所  
授課教師
 曾宇鳳 
課號
 CSIE5036 
課程識別碼
 922 U0370 
班次
  
學分
 3.0 
全/半年
 半年 
必/選修
 必修 
上課時間
 星期三6,7,8(13:20~16:20) 
上課地點
  
備註
 生物資訊與系統生物學程必修課，學程學生優先選。上課地 點：基醫509 。限學士班三年級以上。與詹迺立、蔡孟勳、范怡琴、歐陽彥正合授
限學士班三年級以上
總人數上限：55人 
  
課程簡介影片
 
核心能力關聯
 核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

本課程將討論生物資訊學基本原理及實際應用，以使修習同學能充分掌握如何運用電腦的處理能力，有效解決生醫研究上資料分析，生物醫學資料庫應用分析，以及生物分子結構分析與功能預測。本課程生物資訊導論(課號：MD&PH5028，課程識別碼：420 U3010，1學分)僅為生物資訊學(課號:CSIE5036、課程識別碼：922 U0370，3學分)之第一小時課程主題講解部份，並不包含該課程後二小時電腦軟體及資料庫的使用實習。如需參與電腦上機實習，請改修習生物資訊學。 

課程目標
 本課程將討論生物資訊學基本原理及實際應用，以使修習同學能充分掌握如何運用電腦的處理能力，有效解決生醫研究上資料分析，生物醫學資料庫應用分析，以及生物分子結構分析與功能預測。本課程生物資訊導論(課號：MD&PH5028，課程識別碼：420 U3010，1學分)僅為生物資訊學(課號:CSIE5036、課程識別碼：922 U0370，3學分)之第一小時課程主題講解部份，並不包含該課程後二小時電腦軟體及資料庫的使用實習。如需參與電腦上機實習，請改修習生物資訊學。 
課程要求
  
預期每週課後學習時數
  
Office Hours
 另約時間 
指定閱讀
  
參考書目
 Introduction to Bioinformatics," Arthur M. Lesk, OXFORD, 2002
Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis," David W. Mount, 2nd Edition,
Cold Spring Harbor Lab. Press
Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins,
Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette, Wuket0Kussm 3rd Edition 
評量方式
(僅供參考)
  
No.
項目
百分比
說明
1. 
 Midterm 1 
30% 
 考試時間3小時 (星期三13:20~16:10) 考試地點: 台大資訊工程系(德田館) 一樓 R103 教室 
2. 
 Midterm 2 
30% 
 考試時間3小時 (星期三13:20~16:10) 考試地點: 台大資訊工程系(德田館) 一樓 R103 教室 
3. 
 Report 
30% 
 題目 TBD (在 Midterm 2 後一週公布) 
4. 
 Participation 
10% 
  
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
 2/24  Introduction to bioinformatics (Prof.曾宇鳳) 
第2週
 3/03  Sequence analysis 1 (Prof.范怡琴) 
第3週
 3/10  Sequence analysis 2 (Prof.范怡琴) 
第4週
 3/17  Gene expression 1 (Prof.蔡孟勳) 
第5週
 3/24  Gene expression 2 (Prof.蔡孟勳) 
第6週
 3/31  Midterm 1 (30%) 考試時間3小時 (星期三13:20~16:10) 考試地點 TBD 
第7週
 4/07  Genome analysis (SNP) (Prof.蔡孟勳) 
第8週
 4/14  Genome analysis (Prof.蔡孟勳) 
第9週
 4/21  Data mining 1 (Prof.歐陽彥正) 
第10週
 4/28  Data mining 2 (Prof.歐陽彥正) 
第11週
 5/05  Structural bioinformatics (Prof.曾宇鳳) 
第12週
 5/12  Structural bioinformatics (Prof.詹迺立) 
第13週
 5/19  Midterm 2 (30%) 考試時間3小時 (星期三13:20~16:10) 考試地點 TBD 
第14週
 5/26  Bioinformatics database (Prof.曾宇鳳) 
第15週
 6/02  Phylogenetics analysis (Prof.曾宇鳳) 
第16週
 6/09  Report (30%)