課程資訊
課程名稱
 高等電腦模擬藥物設計
Advanced Computer-aided Drug Design 
開課學期
 104-1 
授課對象
 電機資訊學院  生醫電子與資訊學研究所  
授課教師
 曾宇鳳 
課號
 CSIE5154 
課程識別碼
 922EU3830 
班次
  
學分
 3 
全/半年
 半年 
必/選修
 選修 
上課時間
 星期三7,8,9(14:20~17:20) 
上課地點
 資105 
備註
 本課程以英語授課。
總人數上限：50人 
Ceiba 課程網頁
 http://ceiba.ntu.edu.tw/1041CSIE5154_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
 核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

This class is for graduate students studying Advanced Computer-aided Drug Design, Molecular Modelling, Computational Chemistry to better prepare them to do postgraduates and researchers in academia and in the chemical and pharmaceutical industries. This class introduces background theory and techniques of molecular modelling, also illustrates applications in studying physical, chemical and biological phenomena. 

課程目標
 Improve understanding
*in drug design and cheminformatics
*interating cheminformatics and bioinformations for drug design 
課程要求
  
預期每週課後學習時數
  
Office Hours
 另約時間 備註： Please email for appointment 
指定閱讀
  
參考書目
 Molecular Modelling for Beginners, 2nd Edition

Molecular Modeling and Simulation
An Interdisciplinary Guide Series: Interdisciplinary Applied Mathematics , Vol.
21
Schlick, Tamar

 
評量方式
(僅供參考)
  
No.
項目
百分比
說明
1. 
 Subject Presentation 
20% 
  
2. 
 Project 
30% 
 Each of the student is responsible to design and work on a true drug modeling case 
3. 
 Demo 
20% 
 Each of the student is responsible to do a full tutorial on modeling software assigned 
4. 
 Mid Exam 
30% 
  
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
 09/16  Introduction to advanced computer-aided drug design 
第2週
 09/23  An Intro to Drug Discovery and CADD - The Forces between Molecules 
第3週
 09/30  The force between molecules - Balls on Springs/Molecular Mechanics 
第5週
 10/14  Basic of File Format/The Molecular Potential Energy Surface 
第6週
 10/21  Molecular Mechanics Examples 
第7週
 10/28  Sharing Out the Energy/Program Demo:Pymol 
第8週
 11/04  Introduction to Statistical Thermodynamics/Program Demo: Autodock Vina 
第9週
 11/11  Midterm Exam 
第10週
 11/18  Force Fields/Program Demo: Swiss‐PdbViewer 
第11週
 11/25  Thermodynamics/Project proposal Discussion 
第12週
 12/02  Multivariate Minimization in Computational Chemistry//Program Demo: VMD 
第13週
 12/09  Drug Patent Search/Program Demo: Gromacs (1) 
第14週
 12/16  Program Demo: Gromacs (2&3) 
第15週
 12/23  Molecular Dynamics(1)/Program Demo: Gromacs (4) 
第16週
 12/30  Prefinal progress(2)/ 
第17週
 01/06  Molecular Dynamics(2) 
第18週
 01/13  Final Project