課程資訊
課程名稱
生物系統模擬
Modeling and Simulation in Systems Biology 
開課學期
108-2 
授課對象
電機資訊學院  電機工程學研究所  
授課教師
魏安祺 
課號
BEBI5009 
課程識別碼
945 U2990 
班次
 
學分
3.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期五6,7,8(13:20~16:20) 
上課地點
明達225 
備註
本課程以英語授課。
總人數上限:24人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1082BEBI5009_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

This class discusses current topics in systems biology focused on learning fundamental tools and modeling techniques to develop and apply quantitative models of cellular systems. Essential biological concepts and mathematical fundamentals will be reviewed. 

課程目標
Mathematical modelling is becoming an important tool for molecular and cell biology. This class aims to provide students an introduction to the key concepts that are needed for the construction and investigation of mathematical models in molecular systems biology.
This class will require programming (Matlab or python) for modeling and simulations of some cases introduced in the class. 
課程要求
Prerequisite: Calculus, General biology
Students should be comfortable with basic mathematical concepts of linear algebra, differential equations, probability and basic biology. Prior experience with programming is recommended. 
Office Hours
 
參考書目
An Introduction to Stochastic Processes with Applications to Biology (2011) by Linda Allen 
指定閱讀
 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
期中考 
30% 
 
2. 
作業 
40% 
Some homework will require programming. 
3. 
期末報告 
30% 
 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
9/11  Class overview 
第2週
9/18  Introduction to Scientific Programming 
第3週
9/25  Ch1. Introduction 
第4週
10/2  Ch.2 Chemical reactions 
第5週
10/9  Ch.3 Enzyme kinetics 
第6週
10/16  Ch. 4 Phase plane analysis 10/19 9am Special talk 
第7週
10/23  Sensitivity analysis; Parameter fitting 
第8週
10/30  Review 
第9週
11/6  Midterm 
第10週
11/13  Metabolic network 
第11週
11/20  Signal transduction pathways 
第12週
11/27  Gene regulatory network 
第13週
12/4  Stochastic processes and simulation 
第14週
12/11  Special talk by Tzu-Chieh “Zijay” Tang-- Synthetic biology and its application in engineered living materials Stochastic Modeling 
第15週
12/18  Oral presentation 
第16週
12/25  Oral presentation 
第17週
1/1  New Year Day