本課程包括30個單元，分上下學期授課，其中22個單元為微生物基礎，另8個單元簡介微生物與生態、疾病、食品、產業的關係以及微生物在生物技術的應用。本課程架構概述如下：
1. 微生物學研究之源起(單元1)
2. 顯微鏡技術(單元2)
3. 微生物構造與弁?單元3、4)
4. 微生物培養(單元5、6、7)
5. 微生物代謝(單元8、9、10)
6. 微生物分子生物學(單元11-15)
7. 病毒(單元16、17)
8. 微生物多樣性(單元18-22)
9. 微生物與生態的關係(單元23、24)
10. 微生物與疾病的關係(單元25-28)
11. 微生物與食品的關係(單元29)
12. 微生物在生物技術的應用(單元30)