本課程包括31個單元，分上下學期授課，其中21個單元為微生物基礎，另10個單元簡介微生物與疾病、食品、產業、環境的關係以及微生物在生物技術的應用與趨勢。本課程架構概述如下：
1. 微生物學研究之源起
2. 顯微鏡技術
3. 微生物構造與功能
4. 微生物營養生長與控制
5. 微生物代謝
6. 微生物分子生物學
7. 病毒
8. 微生物多樣性
9. 微生物與疾病的關係
10. 微生物與食品的關係
11. 微生物在生物技術的應用
12. 微生物在環境的應用
13. 微生物生物科技應用趨勢