課程名稱 |
生物資訊學 Bioinformatics |
開課學期 |
108-2 |
授課對象 |
生命科學院 生命科學系 |
授課教師 |
阮雪芬 |
課號 |
LS5075 |
課程識別碼 |
B21 U2190 |
班次 |
|
學分 |
3.0 |
全/半年 |
半年 |
必/選修 |
必修 |
上課時間 |
星期四7,8,9(14:20~17:20) |
上課地點 |
|
備註 |
B群選擇必修。課程要求:已修畢生物化學或分子生物學。上課地點:博雅408教室。 總人數上限:45人 |
Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1082LS5075_BI |
課程簡介影片 |
|
核心能力關聯 |
本課程尚未建立核心能力關連 |
課程大綱
|
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
|
課程概述 |
生物資訊學是結合分子生物學和電腦的科學,主要著重在利用電腦資料庫、演算法及統計學分析基因體和蛋白質體相關資料。課程除了教授基本的生物資訊學相關知識外,亦進行電腦實作分析,進而使學生了解並能應用於生物科學的研究上。 |
課程目標 |
學生將能了解現今生物資訊學的知識,同時能將所學應用於生物學的研究。 |
課程要求 |
已修過生物化學或分子生物學 |
預期每週課後學習時數 |
|
Office Hours |
|
指定閱讀 |
Jonathan Pevsner, Bioinformatics and Functional Genomics (2nd edition, Wiley-Blackwell, 2009) + (3rd edition, 2015).
Juan, H.-F. and Huang, H.-C. (2012) Systems Biology: Applications in cancer-related research (World Scientific Publishing, Singapore).
Juan, H.-F. and Huang, H.-C. (2018) A Practical Guide to Cancer Systems Biology (World Scientific Publishing, Singapore). |
參考書目 |
生物資訊相關的期刊論文: Bioinformatics (Oxford), Nature, Science, Molecular Systems Biology |
評量方式 (僅供參考) |
No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
1. |
作業 + 隨堂考 |
20% |
|
2. |
期中考 |
40% |
|
3. |
期末考 |
40% |
|
|
週次 |
日期 |
單元主題 |
第1週 |
2/20 |
Introduction
Basic concept of programming. (移到3/5) |
第2週 |
2/27 |
Pairwise sequence alignment (移到3/12) |
第3週 |
3/5 |
Introduction
Basic concept of programming |
第4週 |
3/12 |
Sequence alignment:
1. Pairwise sequence alignment
2. Basic Local Alignment Search Tool (Blast)
3. Multiple sequence alignment |
第5週 |
3/19 |
Basic concept of programming |
第6週 |
3/26 |
Implementation for sequence alignment |
第7週 |
4/2 |
溫書假 |
第8週 |
4/9 |
Molecular phylogeny and evolution |
第9週 |
4/16 |
期中考 (筆試 上機) |
第10週 |
4/23 |
Bioinformatic approaches to RNA |
第11週 |
4/30 |
Gene expression data analysis |
第12週 |
5/7 |
Network biology
請到NTU Cool看影片和上課資料 |
第13週 |
5/14 |
Bioinformatics software practice I
RNA-Seq pipeline introduction, Differential Expression Analysis using limma
請到NTU Cool看影片和上課資料 |
第14週 |
5/21 |
Bioinformatics software practice II
Enrichment analysis includes KEGG, Gene Ontology and more
請到NTU Cool看影片和上課資料 |
第15週 |
5/28 |
Proteomics
請到NTU Cool看影片和上課資料 |
第16週 |
6/4 |
Bioinformatics software practice III
Network visualization using Cytoscape |
第17週 |
6/11 |
Protein Structure |
第18週 |
6/18 |
期末考 (筆試 上機) |
第19週 |
6/25 |
端午節放假 |
|