課程名稱 |
生物學的R程式語言:應用篇 R Programming for Biology: Applications |
開課學期 |
111-2 |
授課對象 |
生命科學院 生命科學所 |
授課教師 |
麥德倫 |
課號 |
LS5121 |
課程識別碼 |
B21 U2650 |
班次 |
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學分 |
3.0 |
全/半年 |
半年 |
必/選修 |
選修 |
上課時間 |
星期二5,6,7(12:20~15:10) |
上課地點 |
生科419 |
備註 |
最好能自備筆電,須能自行安裝相關套件。 限生命科學院學生(含輔系、雙修生) 或 限生農學院學生(含輔系、雙修生) 或 限公衛學院學生(含輔系、雙修生) 或 限醫學院學生(含輔系、雙修生) 總人數上限:15人 |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
本課程以生命科學系的學生為主要授課對象,以R語言在生物資訊學的應用為主軸,如序列分析與演化樹、數量性狀基因座、全基因組關聯分析、轉錄體學、蛋白質結構等等。另外也預計討論如何從網頁資料庫讀取與擷取資料、基礎資料視覺化、以及簡單的統計模型於資料預測與機器學習等。於必要時會補充相關統計學知識。欲修課者建議已修過「生物學的R程式語言」或其他相關程式設計課程為佳。 |
課程目標 |
學生將學會如何用程式語言來處理生物資訊學的相關問題,透過R語言為引子,期待學生於過程中也可以學會計算生物學思維,並於未來應用於其他領域或別種程式語言。 |
課程要求 |
● 對於R語言有一定程度的了解(如撰寫函數、迴圈、條件等基本功能),並具備一些基本的統計學知識
● 建議預修課程:「生物學的R程式語言」或任何與基礎程式設計相關課程(R語言相關為佳,若無則需額外時間自我學習) |
預期每週課後學習時數 |
2-4 小時 |
Office Hours |
另約時間 |
指定閱讀 |
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參考書目 |
[1] Gentleman, R., Carey, V. J., Huber, W., Irizarry, R. A., & Dudoit, S. (Eds.). (2005). Bioinformatics and computational biology solutions using R and Bioconductor (Vol. 1, No. 0). New York: Springer.
[2] Bloomfield, V. (2009). Computer simulation and data analysis in molecular biology and biophysics: an introduction using R. Springer Science & Business Media.
[3] Korpelainen, E., Tuimala, J., Somervuo, P., Huss, M., & Wong, G. (2014). RNA-seq data analysis: a practical approach. CRC press.
[4] Sinha, P. P. (2014). Bioinformatics with R cookbook. Birmingham: Packt Publishing.
[5] Gondro, C. (2015). Primer to analysis of genomic data using R. New York, NY: Springer. |
評量方式 (僅供參考) |
No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
1. |
期中考 |
40% |
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2. |
期末書面報告 |
30% |
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3. |
期末口頭報告 |
30% |
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針對學生困難提供學生調整方式 |
上課形式 |
提供學生彈性出席課程方式, 以錄影輔助 |
作業繳交方式 |
書面報告取代口頭報告, 學生與授課老師協議改以其他形式呈現 |
考試形式 |
書面(口頭)報告取代考試 |
其他 |
由師生雙方議定 |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
第1週 |
2/21 |
課程基本介紹與案例分析 |
第2週 |
2/28 |
和平紀念日放假 (依學校行事曆) |
第3週 |
3/07 |
R語言複習與案例分析 |
第4週 |
3/14 |
Bioconductor的基本介紹與案例分析 |
第5週 |
3/21 |
轉錄體學分析(1):微陣列之品質控制與標準化 |
第6週 |
3/28 |
轉錄體學分析(2):微陣列之差異表達與功能分析 |
第7週 |
4/04 |
兒童節放假 (依學校行事曆) |
第8週 |
4/11 |
轉錄體學分析(3):RNA定序分析與論文實例操作 |
第9週 |
4/18 |
轉錄體學分析(4):基因共表達網絡 |
第10週 |
4/25 |
期中考試 |
第11週 |
5/02 |
期中考卷檢討以及案例複習與擴展 |
第12週 |
5/09 |
序列比對與演化樹 |
第13週 |
5/16 |
全基因組關聯分析 |
第14週 |
5/23 |
蛋白質結構相關分析 |
第15週 |
5/30 |
期末專題報告 |
第16週 |
6/06 |
期末專題報告 |
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