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課程名稱 |
蛋白質化學及分子模擬
Protein Chemistry and Molecular Modeling |
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開課學期 |
102-1 |
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授課對象 |
生命科學院 生化科技學系 |
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授課教師 |
楊健志 |
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課號 |
BST5033 |
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課程識別碼 |
B22 U0400 |
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班次 |
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學分 |
2 |
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全/半年 |
半年 |
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必/選修 |
必修 |
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上課時間 |
星期三3,4(10:20~12:10) |
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上課地點 |
博雅205 |
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備註 |
生物化學領域課程。與常怡雍、陳佩燁合開
總人數上限：20人 |
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Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1021protein_chem |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
本課程尚未建立核心能力關連 |
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課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
蛋白質是生物體中負責生物功能運作最重要的生物分子。蛋白質化學研究領域起源於蛋白質的化學結構分析，特別是N-端定序法，當代質譜儀的進展更使蛋白化學結構分析進入全新領域。本課程提供研究蛋白質所需的基礎知識，研究工具，引導同學利用分子模擬探索蛋白結構與功能之關係，以及蛋白質化學領域最新的進展，培養學生在此領域提出問題並嘗試解決的能力。 |
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課程目標 |
本課程將使學生熟悉蛋白質化學原理，蛋白質偵測與純化，蛋白質一級結構分析與演化，蛋白質二級結構預測，三級結構分子模擬與分析，蛋白化學修飾與胜肽合成，蛋白螢光標定，光譜原理，蛋白質交互作用及分子動力學等基礎知識。同時介紹正在快速進展的蛋白質相關研究主題， 包括膜蛋白，醣蛋白，金屬蛋白，大型蛋白複合體，本質無秩序結構蛋白 (intrinsically disordered proteins)，泛素修飾蛋白等。 |
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課程要求 |
生物化學 |
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預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
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參考書目 |
Huber Rehm (2006) Protein biochemistry and proteomics, Academic Press
Brandon and Tooze , Introduction to protein structure, Garland Science
Purich, (2010) Enzyme kinetics, catalysis and control, Elsevier
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評量方式
(僅供參考) |
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No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
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1. |
Written exam |
15% |
Optional written exam, if the class performance is too cold to be used for ranking |
2. |
Class performance |
15% |
15% may be raised to 30%, if many "cross-talk" happen in the class
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3. |
Project |
25% |
包含
1. 指定作業
2. 蛋白結構模擬 |
4. |
Essay |
45% |
隔週指定論文閱讀，由指定論文中至少繳交三次具啓發性及延伸論述的 essay, 內容切勿抄襲，論述完整性可由文字連貫與否看出，再次提醒，萬勿抄襲。ranking |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
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第1週 |
09/11 |
Introduction – From Sanger to Sanger Centre |
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第2週 |
09/18 |
A brief guide to determination of protein structure |
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第3週 |
9/25 |
Chemistry for biology and protein chemistry |
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第4週 |
10/2 |
Evolution of proteins |
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第5週 |
10/9 |
Molecular modeling |
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第6週 |
10/16 |
Enzyme kinetics |
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第7週 |
10/23 |
Protein Engineering and Directed Evolution |
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第8週 |
10/30 |
Post-translational modification 1 （常怡雍） |
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第9週 |
11/6 |
Mid-term exam |
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第10週 |
11/13 |
Post-translational modification 2 （常怡雍） |
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第11週 |
11/20 |
Post-translational modification 3 （常怡雍） |
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第12週 |
11/27 |
Post-translational modification 4（常怡雍） |
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第13週 |
12/4 |
Spectroscopy (陳佩燁） |
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第14週 |
12/11 |
Spectroscopy (陳佩燁） |
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第15週 |
12/18 |
Spectroscopy (陳佩燁） |
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第16週 |
12/25 |
Presentations |
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第17週 |
1/1 |
New year (remember to submit your homework by tomorrow, the previous deadline has been extended to Jan 2 as well) |
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第18週 |
1/8 |
Final exam (Open question, closed book) |
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