課程資訊
課程名稱
蛋白質化學及分子模擬
Protein Chemistry and Molecular Modeling 
開課學期
103-1 
授課對象
生命科學院  生化科技研究所  
授課教師
楊健志 
課號
BST5033 
課程識別碼
B22 U0400 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
必修 
上課時間
星期三3,4(10:20~12:10) 
上課地點
博雅303 
備註
A群組必修10學分之一。與常怡雍、陳佩燁合開
總人數上限:20人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1031BST5033_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
本課程尚未建立核心能力關連
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

蛋白質是生物體中負責生物功能運作最重要的生物分子。蛋白質化學研究領域起源於蛋白質的化學結構分析,特別是N-端定序法,當代質譜儀的進展更使蛋白化學結構分析進入全新領域。本課程提供研究蛋白質所需的基礎知識,研究工具,引導同學利用分子模擬探索蛋白結構與功能之關係,以及蛋白質化學領域最新的進展,培養學生在此領域提出問題並嘗試解決的能力。 

課程目標
本課程將使學生熟悉蛋白質化學原理,蛋白質偵測與純化,蛋白質一級結構分析與演化,蛋白質二級結構預測,三級結構分子模擬與分析,蛋白化學修飾與胜肽合成,蛋白螢光標定,光譜原理,蛋白質交互作用及分子動力學等基礎知識。同時介紹正在快速進展的蛋白質相關研究主題, 包括膜蛋白,醣蛋白,金屬蛋白,大型蛋白複合體,本質無秩序結構蛋白 (intrinsically disordered proteins),泛素修飾蛋白等。 
課程要求
生物化學 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
參考書目
Huber Rehm (2006) Protein biochemistry and proteomics, Academic Press
Brandon and Tooze , Introduction to protein structure, Garland Science
Purich, (2010) Enzyme kinetics, catalysis and control, Elsevier

 
指定閱讀
 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
Project 
25% 
包含 1. 指定作業 2. 蛋白結構模擬 
2. 
Essay 
45% 
隔週指定論文閱讀,由指定論文中至少繳交三次具啓發性及延伸論述的 essay, 內容切勿抄襲,論述完整性可由文字連貫與否看出,再次提醒,萬勿抄襲。ranking  
3. 
Class performance 
15% 
15% may be raised to 30%, if many "cross-talk" happen in the class  
4. 
Written exam 
15% 
Optional written exam, if the class performance is too cold to be used for ranking 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
Sep 17  Introduction – From Sanger to Sanger Centre 
第2週
Sep 24  A brief guide to determination of protein structure  
第3週
Oct 1  Chemistry for biology and protein chemistry  
第4週
Oct 8  Evolution of proteins 
第5週
Oct 15  Molecular modeling 
第6週
Oct 22  Enzyme kinetics 
第7週
Oct 29  Protein Engineering and Directed Evolution 
第8週
Nov 5  Extensive discussions on modeling work 
第9週
Nov 12  Mid-term exam, Open discussion at Room 509
 
第11週
Nov 19  Post-translational modification 1(常怡雍) 
第12週
Nov 26  Post-translational modification 2(常怡雍) 
第13週
Dec 3  Post-translational modification 3(常怡雍) 
第14週
Dec 10  Spectroscopy I, UV-Vis, CD (陳佩燁) 
第15週
Dec 17  Spectroscopy II, Fluorescence spectroscopy (陳佩燁) 
第16週
Dec 24  Paper reading 
第17週
Dec 31  Presentations 
第18週
Jan 7  Open discussion or presentations