植物形態形成學的課程內容以「廣義植物界」為範疇，包括藻類、菌類和陸生植物（特別是維管束植物），探討它們的營養構造和生殖構造的發育與形態形成，並探討內在基因與外在環境因子對這些構造的發育之影響。課程內容包含：
- 特定基因之分離
- 藻類的外形和樣式之功能、分化與調控
- 藻類的孢子形成、配子形成與其調控機制
- 藻類受光照影響之形態形成
- 開花植物受光照影響之形態形成
- 維管束植物之生長、發育與胚之形態形成
- 維管束植物之初生組織的起源與詳細構造；根尖和莖頂的形態形成
- 維管束植物之次生組織的起源與詳細構造；根和莖的形成層與次生組織之形態形成
- 開花植物之花的發育
- 開花植物之小孢子形成與花粉粒的發育
- 開花植物之大孢子形成與胚囊的發育
- 開花植物之果實的形態形成
- 菌類的形態形成