親緣分析方法，特別是分析分子序列資料間
的演化關係，已經是當代研究物種起源、追
溯基因及基因體演化歷史的必要工具。對植
物生技專長領域的學生來說，舉凡對作物間
品系的鑑定，病蟲害基因體的演化，以及自
然物種間親緣的探索，甚至在醫學上探討病
原菌及病毒的演化和確認，都需要接觸到基
礎基因序列演化分析的方法。為了提昇學生
對這些當代重要基因演化分析方法的認識，
我們將在課程中介紹這些方法的理論基礎、
練習目前建構演化分析基因樹最常用的方
法，並且明暸基礎分子演化的概念，強調在
植物科學領域實例上的演練講解，希望能藉
著最新的知識觀念灌輸學生具備基因序列演
化分析的能力。本課程另將配合實習，讓學
生親身用自己的研究數據或提供的數據範
本，來實際操作建構演化樹國際上最常用的
軟體PAUP, PHYLIP, MACCLADE及Mr.
BAYES等；由此並進而了解建構演化樹目前
最常用的所有分析觀念：如最簡約法則，距
離法則，最大可能性法則，貝式可能性法則
等 （parsimony, distance, maximum
likelihood methods and Baysien
analysis)。透過本課程設計，學員將能熟
稔最新觀念的基因演化分析方法，並透過電
腦實作，應用在其各自未來的研究領域中。