課程資訊
課程名稱
親緣地理分析
Phylogeographic analysis 
開課學期
100-2 
授課對象
生命科學院  生命科學系  
授課教師
王俊能 
課號
EEB5074 
課程識別碼
B44 U1860 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期五5,6(12:20~14:10) 
上課地點
生科1217 
備註
總人數上限:10人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1002phylo 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

台灣位居東亞大陸邊陲之大型島嶼,其生物相特有種比例極高。本課程引介現今研究物種分佈親緣地理、種化適應、基因交流、種群分歧時間及天擇對基因效應等最新親緣演化方法之實際分析程式,期使對這些研究議題有興趣的學生透過分析實際調查資料,學會真實研究文章中常用的數據分析方法,及結果詮釋。加上實際發表過文章的評述剖析,修課學生將能應用這些方法,於親緣地理種化研究課題上應用。 

課程目標
修課及格學生將可藉此熟習分子生態及分子演化領域當代之重要研究議題,並可輔助應用於未來參與公職考試中生物多樣性及保育生物遺傳學等學科知識 
課程要求
1. 最好修過族群遺傳學、演化生物學及分子演化實習
2. 寒假即開始上課,不接受學期開始才選課同學,請先與老師聯絡寒假開始上課時間!
3. 每週能閱讀指定期刊文章兩篇並能上台報告討論 
Office Hours
另約時間 
參考書目
• John C. Avise (2000) Phylogeography, Harvard University Press.
• Joanna R. Freeland (2005) Molecular Ecology, Wiley.
• Barry G. Hall (2007) Phylogenetic Trees Made Easy, Sinauer.
• John M. Smith (2006) Evolutionary genetics, Oxford University Press. 
指定閱讀
 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第0週
02/03  First meeting-王俊能老師 
第1週
2/24  Introduction of phylogeography and its applications 
第2週
3/02  NCBI GenBank Data mining of population haplotypes: BLAST & Entrez surfing 
第3週
3/09  Sequence histogram readings and finding PCR condition & cloning errors 
第4週
3/16  Multiple sequence alignment (CLUSTALW) and haplotype assignment 
第5週
3/23  Manual and advanced primer design from web (Primers 3, codehops) 
第6週
3/30  Markers for phylogeographic and population researches (nuclear & chloroplast, AFLP, SSR markers) 
第7週
4/06  Neutrality test & coalescence theory (DnaSP practice for Tajima’s D test) 
第8週
4/13  Parameters for population genetic analysis (GenAlEx): genetic variation measures, heterozygosity, test for H-W equilibrium 
第9週
4/20  Detect population differentiation, genetic structure (FST, AMOVA in Arlequin) 
第10週
4/27  Genetic haplotype networks and Phylogeographic analysis (software: TCS genealogy and NCPA) 
第11週
5/04  Habitat heterogeneity, geographic barrier and genetic variance correlation (DIVA, mantel test, IBD) 
第12週
5/11  Assigning individuals to populations and metapopulations using structure program 
第13週
5/18  Demographic models and past population dynamics (ABC modeling, Baysien Skylight plot, mismatch analysis), bottleneck (m-ratio test, mode shift test, heterozygosity excess essay) 
第14週
5/25  Amount of genet flow and directions between populations (Migrate) 
第15週
6/01  Detection of loci under selection: BayesFst, Bayescan, F-dist2, Hierarchial island model) 
第16週
6/08  Molecular clock calculations & Molecular Divergence Dating (BEAST, McMcCoal, Multidistribute) 
第17週
6/15  Final examination