課程名稱 |
Python 在生物學的應用 Python for Biologist |
開課學期 |
109-2 |
授課對象 |
生命科學院 生態學與演化生物學研究所 |
授課教師 |
巫孟叡 |
課號 |
EEB5094 |
課程識別碼 |
B44EU2060 |
班次 |
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學分 |
2.0 |
全/半年 |
半年 |
必/選修 |
選修 |
上課時間 |
星期五5,6(12:20~14:10) |
上課地點 |
生科419 |
備註 |
本課程以英語授課。修課學生須自備筆記型電腦。與王弘毅合授 限生命科學院學生(含輔系、雙修生) 總人數上限:20人 |
Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1092EEB5094_ |
課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
Python在科學的各個領域裡都被廣泛的運用,其處理字串的強大能力更使得Python在生物的各領域如基因組、轉錄組、蛋白組等也被大量的使用。此外Python語法簡潔直觀,又因為大量被使用所以有許多支援的工具,因此很適合程式語法者學習。
本課程將從基本的程式環境與語法開始,漸次指導學生如何利用串列、迴圈、條件運算式處理大量的資料。 |
課程目標 |
讓學生能夠學得如何用程式解決生物學方面的問題 |
課程要求 |
對程式語言有興趣的生科院學生 |
預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
待補 |
參考書目 |
Python for Biologist by Dr. Martin Jones |
評量方式 (僅供參考) |
No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
1. |
Final Project |
30% |
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2. |
Homework |
70% |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
Week 1 |
2021/02/26 |
Installation and the first taste of Python |
Week 2 |
2021/03/05 |
The command line |
Week 3 |
2021/03/12 |
The basic data types I |
Week 4 |
2021/03/19 |
The basic data types II |
Week 5 |
2021/03/26 |
Functions |
Week 6 |
2021/04/02 |
Break (No lecture) |
Week 7 |
2021/04/09 |
Conditionals |
Week 8 |
2021/04/16 |
List, tuple and loops I |
Week 9 |
2021/04/23 |
List, tuple and loops II |
Week 10 |
2021/04/30 |
(continue from last week) |
Week 11 |
2021/05/07 |
Dictionaries I (including reading files) |
Week 12 |
2021/05/14 |
Dictionaries II (including writing files) |
Week 13 |
2021/05/21 |
Nested data structure, module, and exception |
Week 14 |
2021/05/28 |
Parsing with state machine |
Week 15 |
2021/06/04 |
BioPython |
Week 16 |
2021/06/11 |
Numpy and Pandas |
Week 17 |
2021/06/18 |
Plotting with Matplotlib and Seaborn |
Week 18 |
2021/06/25 |
Final project presentation |
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