海洋漁業生態學的研究內容包括魚類生活史、族群動態、以及漁業資源的評估、監測和管理。目的是要讓漁業資源能夠永續利用。
課程大綱包括：1.漁業資源種類及分佈，2.海洋環境特徵、基礎生產力以及魚類生產量的推算，3.族群結構的時空變化以及影響魚群變動的各種假說，4.親魚量及仔魚量的關係、再生產量模式及最大持續生產量之推估，5.漁具及漁法，6.型態學及分子遺傳學的族群鑑定方法，7.漁獲統計資料的收集解析以及年齡和成長評估、死亡率，8.單種的資源評估，9.複數種的資源評估以及生態模擬，10.社會經濟及生物經濟學，11.漁撈對生態系的影響，12.意外捕獲以及漁業與海鳥和海洋哺乳動物的交互作用，13.水產養殖在漁業生產所扮演的角色，14.資源管理及保育。本課程並安排相關實驗及戶外教學，以求理論及實際並重。