課程資訊
課程名稱
蛋白質泛素化修飾特論
Special Topics on the Ubiquitin Modification System 
開課學期
111-1 
授課對象
生命科學院  生化科學研究所  
授課教師
吳昆峯 
課號
BChem5053 
課程識別碼
B46 U1130 
班次
 
學分
2.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期一6,7(13:20~15:10) 
上課地點
 
備註
初選不開放。上課地點:中研院生化所208教室。
總人數上限:15人 
 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

本課程介紹並深度探究泛素化的生化反應機制與近期學術相關的研究。授課方式以每週主題講述,並提供該週相關研究文章作為討論的內容。修課同學於該學期內閱讀20篇相關學術文章,了解泛素化的功能、結構與修飾機制。評分方式將以課堂上參與程度、圓桌討論時對文獻與課堂知識的理解程度以及期末考為三個部分進行評分。期末考將以問答方式測驗。 

課程目標
訓練學生閱讀英文期刊文章,了解最近期的學術研究進度。
訓練學生在文章閱讀時,對實驗的設計、執行方式與結果進行考核與思考。
提供學生不同的視野,可將課堂上介紹的實驗技術/平台應用於個人研究。 
課程要求
具有生化相關課程的基本知識 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
參考書目
指定相關論文與每週教學投影片 
指定閱讀
 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
09/05  Introduction of Ubiquitin, PTM and other UBLs, protein homeostasis, role of cysteine in chemical reactions 
第2週
09/12  The E1 activation enzyme:
• Structural elements (FCCH, SCCH, UFD, A, T sites)
• Details of chemical reaction and the intermediates 
第3週
09/19  The E2 conjugase:
• core structure and function
• canonical/non-canonical E2 conjugase
• role of backside binding
• N-terminal acetylation and activity 
第4週
09/26  The E3 ligase (1): RING E3 (monomer, dimer, APC/C, CRL, TRIM, MAGE, RNF213) 
第5週
10/03  The E3 ligase (2): HECT E3 (HECT domain, the ubiquitin relay) (NEDD4 family, ubiquitin exosite, large E3 ligase: HUWE1) 
第6週
10/10  國慶日放假 
第7週
10/17  The E3 ligase (3): RBR E3 (vs HECT, vs RING, the ubiquitin relay)
 
第8週
10/24  Ubiquitin chain complexity
• Types: homo, mono, poly, branched, LUBAC
• Generation: chemical or biochemical
• Detection methods
• Multi-E2 or E3 sequential reactions 
第9週
10/31  Proteasome and deubiquitinase
• Proteasome structure and function.
• USP, OTU domains and functions 
第10週
11/07  Other ubiquitin-like proteins (UBL)
• SUMO (DNA repair and related cross-talks)
• NEDD8 and crosstalks to Culin RING E3 ligase
• ISG15 and other UBLs (ULM, FAT10)
• Autophagy (ATG7, ATG8, ATG8-12, LC3B, GABARAP, p62)
• Viral/pathogenic ubiquitin-like system (PLpro, LBpro, ThiF/MoeB, bacterial E3) 
第11週
11/14  Ubiquitin probes - chemical reactions and preparation 
第12週
11/21  Ubiquitin, diseases and drug discovery:
• PROTAC and protein degradation
• Example cases of p53, MDM2, USP7
• MLN4924 for NEDD8 E1
• Cognate-selected ubiquitin variants
• Selectivity and specificity of small molecular inhibitors 
第13週
11/28  break for round table paper discussions 
第14週
12/05  Round table paper discussions (1) 
第15週
12/12  Round table paper discussions (2) 
第16週
12/19  Final exam