人能認知自身的存在 (即有「自我意識」)，本身即是一大奧秘。而在具有推理能力與好奇心驅使下，人類想進一步瞭解自身所處的世界。但越認知宇宙的浩瀚，就越追問「人生」到底是怎麼一回事？生命的出現有「意義」或「目的」嗎？人死了以後是否「靈魂不滅」(the immortality of the soul) 而有某種型形式的「來生」(afterlife)？
本課程主要以這樣的「人生問題」為著眼點來探索人類文明發展的歷史進程中，在科學、宗教與哲學這三個領域的追尋過程與彼此的交互影響。尤其要專注在 2,500 多年以來自然科學的研究進展，除了對物質層次的外在世界帶來革命性的的突破瞭解外，對我們心靈層次的內心世界可有帶來怎樣新的衝擊與啟發。

本課程的主要內容包含三個部份。首先就歷史發展來看，目前幾個主要宗教中，最早面對自然科學的挑戰而開始有因應、有論辯的是西方的基督教。本課程第一部份的內容乃以西方基督教主軸思潮為切入點，來回顧自奧古斯丁以來「這個世界為何有邪惡 (evil)、苦難 (suffering) 的存在」，以及牛頓、康德以來「人類是否有自由意志 (free will)」，這兩類問題所引發的挑戰與思辯。我們將選取愛因斯坦、Miguel de Unamuno (與齊克果)、史懷哲 (與托爾斯泰)、維根斯坦、C. S. Lewis以及 Aldous Huxley 等為代表性人物，闡述刻劃出他們各自的思索過程與最終所採取的不同立場看法。

第二部份進一步探索近年來自然科學的新進展，在DNA的解碼，腦神經科學家如何運用先進儀器研究意念訓練 (如禪坐、祈禱、氣功打坐等) 與服用迷幻藥物對腦部功能的影響，Schizophrenia (「思覺失調症」) 與 Temporal Lobe Epilepsy (「癲癇症」) 的研究，乃致於廣義相對論與量子力學的最新發現等等，帶來許多不同於前述那些代表人物所採取的宗教與哲學思維。

本課程第三部份將以佛教及「老莊思想 」的宇宙觀為主軸，讓同學來思考這些東方的哲學與宗教思維如何能對上述議題提供怎樣不同的啟發。「道」如何「創生」出這個宇宙？ 我們如何瞭解「天命之謂性，率性之謂道」？ 東方的「宇宙同體論」與西方的「一神論」是截然不同，或其實是類似觀點？ 我們如何包容「緣起無自性」與「自由意志」的並存？ 在「諸法無我」體系裡，是「誰」或「什麽」有自由意志？ 在第三部份，本課也將引入現代自然科學的新進展來思考這些課題。